泵是沼氣工程的重要設備之一，直接影響工程的正常運行。泵的選型應根據料液輸送量、裝置揚程、料液性質、管路布置以及操作運轉條件等工藝要求進行。
1)流量：選泵時，以最大流量為依據，兼顧正常流量，在沒有最大流量時，通常可取正常流量的1.1倍作為最大流量。
2)揚程：一般要用放大5%~10%余量后的揚程來選型。
3)料液性質：包括料液介質的物理性質、化學性質和其他性質。物理性質有溫度、密度、黏度、介質中固體顆粒直徑和氣體的含量，這涉及系統的揚程，有效氣蝕余量計算和合適泵的類型。化學性質主要指液體介質的化學腐蝕性和毒性，是選用泵材料和選用哪一種軸封型式的重要依據。
4)管路布置條件：指送液高度、送液距離、送液走向、吸入側最低液面、排出側最高液面等一些數據和管理規格及其長度、材料、管件規格、數量等，以便進行系統揚程計算和氣蝕余量的校核。
5)操作條件：包括內容很多，例如，液體的操作飽和蒸汽壓力、吸入側壓力（絕對）、排出側裝置壓力、海報高度、環境溫度、操作是間歇的還是連續的、泵的位置是固定的還是可移動的等。
當沼氣工程進料總固體濃度超過25%時，建議采用轉子泵。轉子泵是自吸、無閥、正排泵，流量與轉速成正比，可輸送各種黏稠或含有顆粒物的介質。完全對稱設計，允許在任何情況下進行逆向運轉，只需要改變轉子的轉向即可，可實現一臺泵完成沼氣發酵罐進料和排渣兩項工作。
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